Каплиця, присвячена Ісусу Бичованому, відома також під назвою «Каплиця Кампіанів». Походить з ІІ пол. XVI – II пол. XVIIcт. Будівля є однією із найцінніших сакральних пам’яток маньєризму Польщі. При будівництві цієї каплиці працювали Павло Жимянін та Анджей Бремер. Мармуровий вівтар XVI ст. з фігурами апостолів св. Петра і св. Павла, св. Августина і св. Івана Кантего був збагачений ще двома іконами: Бичованого Христа та Ісуса, котрий несе хрест.

Центральне місце у храмі займає головний вівтар, який датується 1765 роком, виконаний у стилі рококо за проектом Петра Полейовського. Вівтар прикрашають чотири фігури Отців Церкви: св. Августина, св. Григорія Великого, св. Амброзія та св. Героніма, створених Мацеєм Полейовським. У центральній ніші знаходиться архітектонічна композиція, яка стилем сімох колон зі срібної бляхи нагадує ідею біблійного Дому Мудрості.

Каплиця Ісуса Милосердного та Матері Божої Неустанної Помочі збудована Петром Мілевським у І пол. XVIII ст., хоча її дизайн збережений у модерністичному стилі. Вівтар, з коричневого мармуру, увінчує хрест з постатям біля підніжжя Матері Божої та св. Яна Євангеліста. У вівтарній ніші стоїть фігура св. Йосипа з Дитятком. На вівтарі встановлено релікварій з мощами св. Зигмунда Гораздовського (1845 – 1920 рр.), львівського опікуна убогих, канонізованого у 2005 р.

У підземеллі Базиліки, вкритому мережею заплутаних коридорів, яке веде до поховальних склепів, знаходяться гроби львівських митрополитів. Деякі з них були перенесені туди з інших львівських храмів після ІІ Світової Війни у зв’язку із загрозою осквернення радянськими окупантами.